1998年9月，杭州大学与浙江医科大学，浙江农业大学，浙江大学四校合并成了新浙大。转眼间，杭州大学成为历史名词，已经12年。在这12年间，“老杭大”已经成为人们记忆中的一个名字，更多的时候，成为了一个路标，用以指代“浙江大学西溪校区”的校址。如今，它虽已远去，但杭大精神不灭，杭大人的归属感不减，杭大人的身份认同感不变！

1998年，由原浙江大学数位著名科学家、学者、教授提议，上报当时‘的国家教委，最后经主管教育工作的国务院副总理李岚清批准，将原杭州大学、浙江农业大学和浙江医科大学合并入浙江大学，建立了新的浙江大学。新浙江大学是全国规模最大，学科最齐全的综合性大学。

1998年3月23日，国务院正式批复教育部和浙江省的联合报告四校合并筹建新浙江大学；1998年9月15日同根同源的浙江大学、杭州大学、浙江农业大学和浙江医科大学合并，新浙江大学宣告成立。