这些政治事件已经影响了整个国家的历史，正在塑造来到这个伟大国家的人民的思想，波士顿在其中扮演了领头的角色。

——亨利·卡伯特·洛奇1630年9月17日，来自英国的清教徒移民创建了波士顿。波士顿所属的马萨诸塞湾殖民地和附近60千米外在10年前（1620年11月21日）建立的普利茅斯殖民地（位于今天的布里斯托尔县、普利茅斯县和巴恩斯特布尔县）这2个清教徒团体在宗教实行方面截然不同，互相不太有来往。这2个分开的殖民地直到1691年才联合起来，形成马萨诸塞湾省。波士顿建造在一个半岛上， 通过一个狭窄的地峡与大陆相连，并被马萨诸塞湾和后湾--查尔斯河的河口所环绕。波士顿的早期欧洲移民最初根据这里的三座小山丘命名为三山城（Trimountaine）；后来根据移民中一些杰出人物的家乡--英格兰波士顿 (林肯郡)的名称重新命名。当时，波士顿的居民绝大多数是来自英国的清教徒。马萨诸塞湾殖民地最初的统治者约翰·温斯罗普发表过一篇著名的布道词，题为“基督徒慈善的典范”，认为波士顿与上帝之间存在着特别的契约。温斯罗普还带动了剑桥协定的签署，这份协定被认为是创建该市的关键文献。清教徒的道德规范在波士顿塑造了一个极端稳定、结构良好的社会。例如，在波士顿建立不久，清教徒就创立了美国第一所公立学校波士顿拉丁学校（1635年），和美国第一所大学哈佛大学（1636年）。直到今天，努力工作、道德正直、重视教育仍然是波士顿文化的一部分。

1770年代初，英国人尝试全面控制13个殖民地，主要通过征税，促使波士顿人发动了美国革命。波士顿屠杀、波士顿茶叶事件，以及美国革命几个早期的战役——列克星敦和康科德战役、邦克山战役和波士顿围城战，都发生在该市或附近的地方。保罗·里维尔著名的午夜骑行也发生在这一时期。美国革命以后一段时期内，由于波士顿是美国距离欧洲最近的一个主要港口，因而它迅速发展了海外贸易，向欧洲出口朗姆酒、鱼、食盐和烟草，成为当时世界上最富裕的国际商港之一。这一时期，一些波士顿名门世家的后代成为了美国社会文化的精英；他们后来被称为波士顿婆罗门。

1822年，波士顿得到特许状，正式取得了城市身份。

19世纪中叶，波士顿的制造业在重要性上压倒了国际贸易。此后直到20世纪初，波士顿仍然是美国最大的制造业中心之一，其中特别以服装、皮革制品和机械工业著称。该市通过附近的小型河流连接了附近地区，方便的货运使工厂的增设成为可能。后来，密集的铁路网更加促进了该地区的工商业繁荣。从19世纪中后期起，波士顿的文化开始繁荣起来，以慷慨的艺术捐助者著称。这一时期的波士顿还成了废奴主义运动的一个中心。

1820年代，由于第一波欧洲移民潮的到来，波士顿的人口构成开始发生戏剧性的变化。大批爱尔兰人和意大利人移居该市，将他们的罗马天主教也带到这座城市。目前，天主教是波士顿最大的宗教团体，从20世纪初起，爱尔兰人开始在波士顿政治中扮演重要角色，肯尼迪家族就是其中的杰出代表之一。从1630年到1890年，通过填平沼泽、海滨泥滩和码头之间的缝隙，波士顿的城市规模扩大了三倍。[7] 在19世纪进行了巨大的“削山填海”的改造工程。

1807年开始，灯塔山的山顶被用于填平一个面积50英亩（20公顷）的池塘，后来那里形成了干草市场广场。今天，马萨诸塞州政府就坐落在变矮后的灯塔山的山顶。

19世纪中叶的工程形成了波士顿南区、波士顿西区、金融区、和波士顿唐人街。

1872年波士顿大火之后，工人用碎石重建了濒水的市中心地区。在19世纪中后期，工人们用铁轨从尼达姆高地取来泥土，填平了波士顿西面大约600英亩（2.4平方千米）的查尔斯河沼泽地。另外，该市陆续合并了附近的市镇——洛克斯伯里（1868年）、多尔切斯特（1,870年）、布莱顿、西洛克斯伯里、查尔斯镇和海德公园。

1874年，波士顿最后一次合并了3个镇，从此市区界限固定了下来，未再变动。

20世纪早期和中期，波士顿由于工厂陈旧老化开始衰落，工厂纷纷迁往劳动力更低廉的地区。波士顿做出了反应，开始建造各种城市更新项目，包括拆除业已陈旧的西区，和建造波士顿政府中心。

1970年代，波士顿在长达30年的经济低迷时期之后恢复了繁荣，并带动了共同基金的发展。波士顿因其卓越的医疗服务享有盛誉，麻省总医院、贝斯以色列女执事医疗中心和布莱根妇女医院等医院在疾病治疗和医疗创新方面在全美国领先。哈佛大学、麻省理工学院、波士顿学院、东北大学和波士顿大学等高等学府吸引了许多学生来到波士顿都会区求学深造。

21世纪初，波士顿已经成为一个智力、技术与政治思想的中心。不过，该市还必须解决1990年代以来因房价急剧上涨造成生活费用过高的问题。

2004年，波士顿大都会区已经成为全美国生活开支最高的地方，而马萨诸塞州是全国唯一人口下降的州。