护照和港澳通行证的区别有以下两点:一、目的地不同，护照的目的地是第三方国家，而港澳通行证的目的地是中国香港和澳门这两个特别行政区；二、护照和港澳通行证性质不同，护照是中华人民共和国公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件，而港澳通行证是中国内地居民来往于中国香港和澳门的通行证件。

另外，护照是出入国境专用，可在其他国家证明自己身的证明，出国时可在香港和澳门停留一定的期限。而港澳通行证是中国内地居民因私来往香港和澳门时所用，办理时一般需要签注，可选择一年几次。