如果在审核材料过程中，将真实的学历认定为造假，相关责任人应当承担相应的法律责任。

具体处理方法如下：

1. 追究责任：对于故意或者过失将真实学历认定为造假的审核人员，应当根据其行为性质和情节轻重，给予相应的党纪、政纪处分或者法律处罚。

2. 恢复名誉：对于被误认为学历造假的人员，应当及时恢复其名誉，撤销对其的处罚决定，并公开道歉。同时，对于在审核过程中造成的损失，应当给予相应的赔偿。

3. 完善制度：为了避免类似问题再次发生，应当加强对审核人员的培训和教育，提高其业务水平和责任心。同时，完善审核制度，确保审核过程的严谨性和准确性。

4. 加强监督：加强对审核工作的监督，确保审核过程的公开透明，防止权力滥用和腐败现象的发生。对于发现的问题，要及时整改，确保审核结果的真实性和公正性。总之，对于审核材料把真学历认定为造假的情况，应当追究相关责任人的法律责任，恢复被误认为学历造假人员的名誉，并加强制度建设和监督，防止类似问题再次发生。