日本开设水生动物医学主要开设在农学，生命科学以及联合兽医学这类专业名目下面。

其主要的院校为北海道大学，东京大学，东京农工大学，日本兽医生命科学大学，歧阜大学，北里大学，日本大学，广岛大学，筑波大学，东京海洋大学。北海道和九州同时作为两所帝国大学，在农学和生命科学领域都有很强的私立，且两校在农学及生命科学的一级学科世界排名中都在TOP100之内。