京都大学起源于1861年（文久元年），原是在长崎设立的长崎养生所（之后改称为长崎精得馆）。

京都大学是继东京大学成立之后的第二所日本国立大学，创建于1897年，最初名为京都帝国大学；二战后，正式更名为“京都大学”；2004年改组为国立大学法人京都大学。在2018与2019年泰晤士高等教育日本大学排名中，京都大学位列日本第1位；位列2019世界大学学术排名全球第32位，日本第2位，在其自然科学和生命科学领域均位列全球第21位；位列2021QS世界大学排名世界第38位。