如果您的护照在出境时被边检部门扣留，您仍然可以申请补办护照。

通常情况下，您需要向户籍所在地的公安局出入境管理处提交相关材料，包括填写完整的《护照换发补发延期变更申请表》、符合要求的照片，并可能需要提供护照遗失、被盗或损毁的情况说明。在某些情况下，您可能还需要在省级以上媒体上发表作废声明，并提供公安机关出具的报案证明等材料。补办护照的具体流程和所需材料可能会有所变化，建议您联系当地的公安局出入境管理处或中国驻外使领馆获取最新的指导信息。同时，如果您在国外，您可能需要向当地的中国使领馆申请补发旅行证件，并在补办后咨询第三国驻当地使领馆是否需要补办相关签证。