在深圳南山区办理护照预约，可以按照以下步骤进行：

1. 进入深圳市公安局的出入境业务办理网页，点击出入境业务预约办理（深圳户籍或非深圳户籍）。

首次登录需要注册账号，需要用到身份证号、手机号（实名认证还需要身份证正反面原件照）。

2. 选择办理地点（南山区）、办理时间。出入境大厅只有周六办公，周日休息，共有上午下午7个预约时段。然后阅读申请协议书，确认无误后，点击同意。

3. 填写个人信息，然后选择取证方式（如果不需要邮寄到家则不用填写），最后点击确认并提交即可预约成功。

4. 申请人会收到一条短信告知已经预约成功。只需携带材料在规定时间内前往预约地点办理即可。请注意，在预约时，您需要准备好一些必要的材料，包括您的有效身份证、近期免冠照片等。同时，不同时间段的预约名额可能有限，因此建议您提前规划好时间，尽早预约。如果您在预约过程中遇到任何问题，可以通过深圳市公安局出入境管理部门的官方网站、官方微信公众号或者电话进行咨询和求助。