四个长方形代表复合体 PATHWAY的五种类型：第一种参考通路 (reference pathway)图是手动画出来的，即是由内部软件KegSketch手动绘制的原始版本，其他的通路图都是通过计算产生的。 pathway中的每一个框 (或线)都对应一个或多个K编号、EC编号及R编号。

生物中的pathway到底指的是什么? 基本上就是由一系列反应底物和酶连接起来的反应。 这种概念本身不需要深究，生物研究不是高考。 关注人家实际上在做啥，自然就知道了。 在生物学中， pathway 通常指的是一个有机体内的生物体系，这个体系可以把一种物质转化成另一种物质，也可以把一种信号转化成另一种信号。 具体来说，pathway可以指某一特定代谢过程中可能经过的、各具特定功能的基因、蛋白质或代谢底物的有序串联。

KEGG 中的 pathway 是根据相关知识手绘的, 这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从 NCBI 等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外 KEGG 中有一个“专有名词” KO （ KEGG Orthology ），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上 KO （或 K ）标签。 下面就首先来讲一下 KEGG orthology 。

对于wikipathway 的通路图而言，有两个核心概念，基因产物 (gene product) 和代谢物（Metabolites ）。 pathway 简单理解就是一些列的酶促反应，酶是基因的产物，而酶促反应的底物和产物都可以看做是代谢物； wikipathway 采用gpml格式存储pathway 中的interaction和 reaction 信息，代谢通路图中蓝色表示代谢物，黑色代表基因产物。