深圳福田区有两个口岸，分别是福田口岸和皇岗口岸。

1、福田口岸是中华人民共和国香港特别行政区连接与广东省深圳市的口岸，位于深圳市福田区南部，是“一国两制”的交汇点，也是加快推进泛珠江三角区域经济合作的重要口岸，通关时间：06:30-22:30福田口岸由人行通道桥和旅检大楼组成，人行通道桥连接福田口岸联检大楼和香港九广铁路落马洲管制站，上下两层，单向行走，桥内有自动步行梯分别供深港出入境旅客使用，其中上层为出境，下层为入境，桥内有自动步行梯；旅检大楼二层为入境旅检大厅，三层为出境旅检大厅，同时，也开通了人脸识别。自助通道：福田口岸在出境大厅内设自助式通道20条，入境大厅内设有自助式通道20条。人工通道：福田口岸在出境大厅内设人工验放通道58条，入境大厅内设有人工验放通道48条。

2、皇岗口岸是连接中华人民共和国广东省深圳市与香港特别行政区的口岸，位于深圳市南部，是深圳市唯一全天24小时开放的口岸，同时也开通了指纹识别和人脸识别系统，通关时间：24小时全天皇岗口岸分监管区、生活区、商业服务区；其中，区域监管区分东、西两个场地，东场为货检场地，西场为客车和旅检场地。货检场东侧为入境查验场，西侧为出境查验场；旅检大厅东西向排列，东侧为入境大厅，西侧为出境大厅，大厅两侧为客车通道。人工通道：皇岗口岸设旅客检查通道50条（出入境各25条）。自助通道：皇岗口岸出境大厅自助查验通道42条。汽车通道：皇岗口岸设出入境小汽车、客车检查通道10条（出入境各5条），货车检查通道40条（出入境各20条）