二者的区别主要：对内使用者的级别不一样；对外使用者享受的权利不一样。公务护照一般使用者的级别比较高，在外面时可能可以享受外交豁免权；而因公普通护照一般公务员和事业单位，大型国企的员工因工作原因出国时人事部门发的，在国外没有任何特权。

主要区别是：第一颁发对象不同，公务护照主要面对县处级以上人员，普通护照主要是颁发给县级以下人员等，第二护照样式不同，第三是颁发单位不同。

因公普通护照与公务护照的区别；

1、因公护照是发放给付县、处级以下干部、企事业单位因公出国给予办理的护照。公务护照是发放给县、处级以上人员出国公干护照。

2、因公护照统一出入境时间、地点，整团进出，中途不能离团。公务护照可经批准小团或独自出入境。

因公普通护照里的外交护照为红色，公务普通护照为藏青色。

公务护照和因公普通护照有效期最长不超过10年，期满前可延期。每本护照可延期2次，每次所延期限不超过5年。