山东农业大学有的重点学科有：动物科学、农学、园艺、植百物科学与技术、生物技术、植物保护、蚕学、农业资源与环境、动物医学、农业机械化及其自动化。

截至2015年度11月，山东农业大学有2个国家知重点一级学科、道2个农业部重点学科、21个省级重点学科，拥有12个博士后科研流动站，10个一级学科博士点、49个二级学科博士点，24个一级学科硕士点、99个硕回士点。截至2012年山东农业大学科研经费已经突破两亿元；学校获得科研奖项包括国家最高科学技术奖、国家科学大会奖、国家技术发明奖一等奖、国家科技进步一等奖在内的答***科技成果奖45项，省部级以上科技成果奖励370多项。 截至2009年SCI数据库中发表论文已经达到679篇，分布于69个学科中。