东南大学是1996年首批进入211工程，2000年，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高专、南京地质学校兼并重组，组建了新的东南大学。

次年东南大学进入985工程重点建设高校序列。

2017年，学校进入双一流高校一流大学建设高校A类，是我国顶尖大学之一。