因为南京的医疗资源有限，无法满足大量的公务员体检需求，同时也为了减轻南京市公共医疗机构的负担，所以南京在职公务员体检会安排在相邻地区的医疗机构进行。

此外，这也可以避免同一地区的公务员之间互相认识产生的不公平问题。类似的规定在其他地区也有类似的执行。而且，在职公务员的体检也是为了确保公务员的身体健康和工作能力，保障公共利益，因此选在符合标准的医疗机构进行检查也是必要的。