出入境动植物检疫的主要程序有：
1. 检疫审批：凡输入、携带、邮寄动物和动物产品、植物种子、种苗及其他繁殖材料、特定的植物产品，货主、物主或代理必须事先申请办理检疫审批手续。
2.报检：输入、输出应检物，货主或代理应按要求填写报检单，向口岸出入境检验检疫机构报检。
3. 检疫：包括现场检疫、实验室检疫、隔离检疫。现场检疫：输入、输出应检物抵达口岸时，检疫人员登机、登轮、登车或到货物停放场所实施检疫；实验室检疫：检疫人员按有关规定或要求对输入、输出的检疫物作动物疫并植物病害的实验室检测；隔离检疫：动物在入境后或出境前，必须在出入境检验检疫机关指定的隔离场作隔离检疫（大、中动物45天，小动物30天）；入境植物种子、种苗及其他繁殖材料需作隔离检疫的，应在指定的隔离圃隔离种植，经过至少一个生长周期的隔离检疫。
4. 检疫处理：对经检疫不合格的检疫物，由口岸出入境检验检疫机构签发《检疫处理通知单》，通知货主或其代理分别作除害、退回或销毁处理。
