根据相关资料查询显示：会知道。

1、事业单位在公安局出入境受控名单内，去办理护照本身就需要单位出具证明，所以员工私自出国单位是会知道的。

2、事业单位员工未报备私自出国，给予记过处分，情节较重的，给予降低岗位等级或者撤职处分，情节严重的，给予开除处分。