北京大学医学人文学院，由医学史与医学哲学系、医学伦理与法律学系、医学心理学系、医学语言文化系、健康政治学系（马克思主义理论教研中心）、健康信息管理系、体育与健康系及美学与艺术教育中心“七系一中心”组成。

学院设有四个校级研究中心，即北京大学医史学研究中心、北京大学临床心理中心、北京大学医学部性学研究中心、北京大学医学部中美医师职业精神研究中心；七个院级研究中心，即医学史与医学哲学研究中心、医学心理学研究中心、医学伦理与法律研究中心、健康与社会发展研究中心、医学文化与健康传播研究中心、医学美学研究中心以及数据与案例管理中心。北京医科大学与北京大学合并后，为加强医学部的公共课与通识课教育，2002年7月，在原北京医科大学社文部、外语教学部、体育部、基础医学院数学教研室、物理教研室和计算机教研室的基础上组建北京大学医学部公共教学部。王倩为公共教学部主任和党总支书记。当时的公共教学部设有5个学系：哲学与社会科学系、医学人文学系、医用理学系、应用语言学系、体育学系。

2008年4月，成立北京大学医学人文研究院。

2018年11月，北京大学医学人文研究院/医学部公共教学部正式更名为北京大学医学人文学院。