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南科大借鉴世界一流理工科大学的学科设置和办学模式,以理、工、医为主,兼具商科和特色人文社科的学科体系,在本科、硕士、博士层次办学,在一系列新的学科方向上开展研究,使学校成为引领社会发展的思想库和新知识、新技术的源泉。学校系科和学科专业设置紧跟学科发展前沿,面向国家战略性新兴产业发展,重点发展与新能源、新材料、新一代信息技术、节能环保、生物技术与生物医药等相关的新兴学科专业和交叉学科。学校设置8个二级学院,下设30个系(院)、中心,此外,设有思想政治教育与研究中心、体育中心等2个独立教学单位;开设34个本科专业。