他的曾祖父李沐文（Lee Bok Boon，客家人）早於1862年从广东大埔移居到海峡殖民地的经历，造就了其作为第四代华裔新加坡人的移民背景之一。

作为母亲蔡认娘（Chua Jim Neo）和父亲李进坤（Lee Chin Koon）的长子，李光耀生於新加坡甘榜爪哇路（Kampong Java Road）92号的一座2层高的别墅内。而其祖父李云龙（Lee Hoon Leong）对他施以英语教育的举措，使得他自幼受到了英国文化的强烈影响。