水中常见的微生物类群有： 非细胞类型：病毒（动物病毒、植物病毒、昆虫病毒），噬菌体（细菌病毒），真菌病等。

水中常见的微生物类群有自养菌中的有硫磺细菌，硝化细菌，铁细菌，光合细菌等。异养菌中的假单胞杆菌，放线菌，真菌，原生动物及藻类。在水生细菌中革兰氏阴性杆菌最多（占95％），阳性菌占4％，而球菌只占1％。另一些水生细菌是外来的，它们来自土壤，空气，垃圾，工厂废物或城市下水道污水。来自前两者的微生物一般都是腐生性的，而来自下水道的微生物中，

藻类，原生菌类，原生动物

所有既不是动物、植物或真菌的真核生物就是原生生物，包括纤毛虫（ciliates），变形虫（amoebae），疟原虫（malarial parasites），粘菌，浮游生物（plankton），海藻（sea weed）和营光合作用的单细胞游动微生物，如眼虫等。