莱顿大学拥有超过五十个研究机构，其中有些完全隶属于该校的某个学院，其余则是院际或校际机构。

大部分荷兰学者都与其中某些机构相关。下设机构有：ASC非洲研究中心CNWS亚洲、非洲与美洲研究所CRC危机研究中心CTI语言与认同研究中心M. Meijers 研究所法学研究所Grotius 中心国际法学研究中心GSS莱顿科学研究所史学研究所史学研究所Huizinga 研究所文化史研究所IBL莱顿生物研究所IIAS区域研究所IOPS心理计量与社会计量学校际研究所ISED教育与人力发展研究所LACDR莱顿—阿姆斯特丹药物研究中心LCMBS莱顿分子生物学中心LGSAS莱顿考古学研究所LIACS莱顿进阶计算机科学研究所LIC莱顿化学研究所LION莱顿物理研究所LISOR莱顿宗教研究所LUCL莱顿大学语言学中心LUMI莱顿大学数学研究所Mediëvistiek荷兰中世纪研究所NIG荷兰管理研究所NOVA荷兰天文研究所W. Posthumus Instituut荷兰经济暨社会史研究所OIKOS国立古典研究所Onderzoekschool Kunstgeschiedenis荷兰艺术史研究所OSL荷兰文学研究所PALLAS西方艺术暨文学史研究所莱顿天文台莱顿天文台欧洲研究所关于欧洲整合领域的法学研究所Van Vollenhoven 研究所法律、管理与发展研究所