上海新纪元学校的课是由中外课程专家共同研发了一套适应性强、个性化程度高的学校课程体系，由中国教师和美国教师、加拿大教师共同授课，鲜明的外语特色，频繁的国际交流，保证学生进入全浸染式的国际教育环境。

学校同时开设特色课程，包括英语、数学、科学、艺术外教同步课程，国学课程，STEAM课程和心灵滋养课程，包括国学、工程、戏剧、马术、游泳、武术、高尔夫、国际理解、礼仪、茶艺、建筑模型等。