中国大运河博物馆的展览将全流域、全时段、全方位展览中国大运河的历史和文化。

展览的总体定位是“运河带来的美好生活”，共设有“大运河——中国的世界文化遗产”“因运而生——大运河沿岸的传统生活”“大运河两岸非物质文化遗产”“世界知名运河与运河城市”“中国大运河艺术史诗”“紫禁城与大运河”“隋炀帝与大运河”“运河与自然展”“运河上的舟楫”“流动的文化——中国大运河”“探索大运河：青少年互动体验展”等11个专题展。