武汉协和西院区和本部的主要区别是：地理位置不同、开设的科室、学院不同。

武汉协和西区位于武汉西南部，武汉经济技术开发区中心地段建有临床、医技科室19个，设置综合重症监护、综合外科、创伤外科、综合内科、妇产科、五官综合（含整形美容）7个独立病区。华中科技大学同济医学院附属协和医院西区前身是东风汽车公司神龙医院，地处武汉西南部，武汉经济技术开发区中心地段，规划用地80亩，已有建筑面积1.8万平方米，实际开放病床220 张，是以急救创伤医学为特色的大型综合性三甲医院，成为武汉西南部的医疗中心。武汉协和本部位于湖北省武汉市汉口航空路13号，设有公共卫生学院、药学院、医药卫生管理学院、护理学院、法医学系、生殖健康研究所以及11所临床学院。