重庆大学和吉林大学都是只属于教育部的综合性985大学，实力尚有差距，但并不悬殊。

在学科特色上，各有特色。重庆大学在建筑学、冶金工程、机械工程、土木工程、电气工程、仪器科学与技术等学科全国排名靠前。吉林大学在动物医学、数学、车辆工程、通信工程、矿业工程和医学领域实力比较强。在这两所大学之间的选择，只能以专业来定夺。