在水土保持方案编制时，主体工程初步设计已经批复后，方案投资考虑应包括以下几个方面：

1. 工程规模和性质：根据主体工程的规模和性质确定投资额度。

大型工程通常需要更多的投资，而小型工程则需要较少的投资。

2. 工程技术要求：根据工程的技术难度和要求，确定所需的投资额度。技术难度较高的工程通常需要更多的投资。

3. 地理条件和环境要求：根据工程所处的地理条件和环境要求，确定所需的投资额度。例如，如果工程所处的地理条件较为复杂或环境要求较高，可能需要更多的投资。

4. 设备和材料成本：根据主体工程初步设计确定所需的设备和材料，并计算其成本。这些成本将是方案投资的一部分。

5. 劳动力成本：根据主体工程初步设计确定所需的劳动力数量和工作时间，并计算其成本。劳动力成本将是方案投资的一部分。

6. 管理和监督费用：考虑到工程的管理和监督需要，确定相应的费用。这些费用也将是方案投资的一部分。

7. 风险和不确定性：考虑到工程实施过程中可能出现的风险和不确定性，适当增加投资额度，以应对可能的额外费用。总之，在水土保持方案编制时，需要综合考虑以上各个方面的因素，合理确定方案的投资额度，以确保工程的顺利实施和水土保持效果的达到。