原因有主要有三点：

1、朱熹著述谬误不少：当时的监察御史沈继祖弹劾朱熹十大罪状，斥责“伪学猖獗，图为不轨”。

明朝学者王阳明发现朱熹学说的根本性错误，针锋相对提出“知行合一”，在中国思想史上相提并论为“孔、孟、朱、王”，超越朱熹，只不过由于封建统治者别有用心，继续利用朱熹那一套。清朝学者发现作为朱熹学说的奠基之作“河图”、“洛书”并非《易经》原文，而是五代时期的伪作。

2、朱熹学说无助于解决现实问题：理学家口口声声主战，但究竟该怎么战，怎么恢复中原，朱熹本人在分析了具体情况后却“未知如何”。更甚者，朱熹从根本上反对务实。儒家的目的既然是要平治天下，是否应该对现实问题进行一些研究、学一些行政之术呢？起码春秋战国时代的儒家先贤们还没有专门对此否定，可是到了程朱理学那里，时此终于明确否定了。当有学生说“学者讲明义理之外，亦须理会时政”时，朱熹立即对此观点进行了批评。他说：“今世文人才士，开口便说国家利害，把笔便速时政得失，终济得甚事。”在他看来，一个人只需要根据义理修炼人格，任何办事能力都不需要专门的学习就能自然领会。这种奇怪的论调竟然被普遍接受，并渗透于明清的科举考试中，直到清末屡吃大败仗，才感到有在科举中增加“策论”的必要。

3、朱熹言行不一：当时另一位监察御史刘德秀上书称朱熹“口道先王语，而行如市人所不为”，朝散大夫（从五品官）刘三杰将他与外敌相提并论“今日之忧有二，有边境之忧，有伪学之忧”，所以有人弹劾甚至请斩朱熹。