哈尔滨工程大学目前设有16个院系。

其重点学科为：船舶与海洋结构物设计制造、水声工程、轮机工程。共有56个专业。重点专业：船舶与海洋工程、核科学与技术、计算机科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、仪器科学与技术、机械工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、力学、光学工程、管理科学与工程。学院设置具体如下：