主要有8个学院，具体包括农学院、园艺植物保护与技术学院、兽医学院、动物科学与技术学院、生物科学与技术学院、马克思主义学院、音乐学院、美术与设计学院。

扬州大学共有7个校区，其中文汇路校区是原来的江苏农学院，在1992年合并到扬州大学后，经过这么多年的建设与发展，办学规模不断扩大，所以在文汇路校区逐步发展成了8个二级学院。