上海交通大学医学院五年制实验班分流主要根据学生的专业成绩、学术表现和兴趣进行确定。

一般情况下，分流有以下几个步骤：

1. 第一年培养阶段：在第一学年，所有学生在相同的课程和实验中进行基础医学知识的学习，并接受一定的基础临床实习。这个阶段主要是为了全面了解学生的专业基础，为后续的分流做准备。

2. 第二年分流申请：在第二学年，学生可以根据自己的兴趣和优势选择不同的临床专业方向。学生需要填写分流申请表，说明自己的志愿和原因，并提交相关材料作为分流考核的依据。

3. 分流考核：学院会根据学生的申请表和相关材料进行分流考核。考核的方式可以包括面试、考试、问卷调查等多个环节，以评估学生的学术表现、专业能力和适应能力。

4. 分流结果公布：根据分流考核的结果，学院会发布分流名单。根据学生的志愿和分数，将学生分配到相应的临床专业方向。一般情况下，学生可以根据个人的意愿和绩点进行选择，但也可能受到名额限制和竞争情况的影响。总体而言，上海交通大学医学院五年制实验班的分流是在第二学年进行，根据学生的申请和分流考核，学生可以选择自己感兴趣的临床专业方向。分流的目的是为了培养学生的专业能力和兴趣，使其在未来的医学临床实践中能够更好地发展。