生物工程包括五大工程，即遗传工程、细胞工程、微生物工程、酶工程和生物反应器工程。

(一)遗传工程，是将生物特定的基因按照人的意愿经过体外重组后再转入生物体内，使这个基因能在受体生物内复制、转录、翻译、表达，从而产生出人们所期望的产物或达到某种目的。基因工程最终改变的是生物的遗传物质。(二)细胞工程是指应用细胞生物学和分子生物学的方法，通过类似于工程学的步骤在细胞整体水平或细胞器水平上，遵循细胞的遗传和生理活动规律，有目的地制造细胞产品的一门生物技术。是通过细胞融合、核移植、细胞器移植或染色体操作，产生杂种细胞并发育成个体的技术。(三)发酵工程利用微生物生长速度快,生长条件简单以及新陈代谢过程特殊等特点，在合适条件下,通过现代工程技术手段,由微生物的某种特定功能生产出人类所需的产品称为发酵工程,有时也成微生物工程.(四)酶工程是利用酶、细胞器或细胞所具有的特异催化功能,借助生物反应装置和工艺过程来生产人类所需产品的一项技术,包括酶的固定化技术、细胞的固定化技术、酶的修饰改造化技术及酶反应的设计等技术。在这五大领域中，前两者作用是将常规菌作为特定遗传物质受体，使它们获得外来基因，成为能表达超远缘性状的新物种——工程菌或工程细胞株。后三者的作用则是这一有巨大潜在价值的新物种创造良好的生长与繁殖条件，进行大规模的培养，以充分发挥其内在潜力，为人们提供巨大的经济效益和社会效益。