南京的双子星高校，在1998年也有合并的意向，南京大学与东南大学双方也协商了。

以当时两校的实力，合并以后可以与清华、北大争锋，有希望成为国内第一高校的；不过按照现在两校的实力来看，合并后还是达不到现在的清北学科实力，两校的科研也达不到清华的能力。南大与东南最后为什么没有谈成呢？据说在新校名上双方谈崩了。南大提议双方各出一个字，这也是比较公平的建议。南京出“京”字，东南出“南”字，最后是南京大学；东南说这样不行，我出“东”字，你出“南”字，组成东南大学，最后出现了奇妙的文字局，实际也是一个死局，双方最后一拍两散，保持着现在的双子星格局。