武汉工程大学的最强的专业是化学工程与技术、材料科学与工程、矿业工程、安全科学与工程、马克思主义理论、机械工程、计算机科学与技术、土木工程、药学、管理科学与工程、工商管理、控制科学与工程、仪器科学与技术、电气工程、食品科学与工程、软件工程、设计学、戏剧与影视学、美术学、音乐与舞蹈学等。

此外，该校还有国家特色专业建设点包括化学工程与工艺、制药工程、过程装备与控制工程、高分子材料与工程、材料科学与工程、计算机科学与技术、环境工程、法学、工商管理等。