孔子博物馆位于曲阜城南北轴线大成路的正南端，与世界遗产三孔遥相呼应，由两院院士吴良镛先生规划设计，于2013年初正式动工，并于2013年底实现主馆封顶，即将建成投入使用。

总建筑面积5.5万平方米，其中主馆4.2万平方米，东部平台1.3万平方米。主馆包括展陈面积1.7万平方米、文物库房面积7千平方米、文物修复中心面积1千平方米。该馆是具有时代标杆意义的重大文化工程，是孔子文化的集大成之所，是当代杰作，未来遗产。

2020年12月21日，中国博物馆协会核定曲阜市孔子博物院为第四批国家一级博物馆。