重庆工程学院两个校区分别为双桥校区和南泉校区，它们的区别是地理位置不同、学历设置不同。

具体如下：

1、地理位置不同。重庆工程学院南泉校区位于重庆市巴南区，双桥校区位于重庆市双桥经济开发区。

2、学历设置不同。一般本科生在重庆工程学院双桥校区，专科生在重庆工程学院南泉校区。材料补充：重庆工程学院是经教育部批准设立的一所以工学为主的全日制普通本科高校，是中央财政支持建设院校、全国物联网技术应用人才培养基地、全国动漫游戏产业人才培养基地、重庆市软件产业人才培养基地、重庆市创意产业人才培养基地，入选重庆市首批示范性众创空间。