东南大学工程管理专业的知识体系包括工程技术、工程经济、工程管理和工程法律四大类平台课程。

主修课程除学校通识类课程外，大类学科基础课包括经济学、管理学原理、经济法、会计学原理、工程测量、建筑力学、建筑学与规划、地基与基础、工程结构、土木工程施工、统计学、工程材料、建筑设备 ；专业主干课程包括工程合同管理、工程项目管理、工程经济学、工程估价、建设法规、运筹学、工程建设信息管理、工程项目投资决策与管理、房地产开发与经营、房地产估价等课程。此外，通过认识实习生产实习、毕业设计、社会实践、科研训练、专业素质拓展、导师制等环节，全方位培养学生的综合能力和专业素质。