福建工程学院有52个本科专业，设机械与汽车工程学院、材料科学与工程学院、信息科学与工程学院、土木工程学院、建筑与城乡规划学院、管理学院、生态环境与城市建设学院、交通运输学院、人文学院、法学院、数理学院、设计学院、思想政治理论课教研部、体育教研部等14个院系（部）及继续教育学院。