在六方晶胞中，原子坐标系的建立通常采用晶体学中的晶轴（a、b、c）和角度（α、β、γ）来确定。

对于六方晶胞，其中一个晶轴垂直于底面，另外两个晶轴呈60度夹角。通常选择一个晶轴垂直于平面，然后另外两个晶轴呈60度夹角，这样可以建立一个六边形的基本单元。原子的位置可以用晶轴上的坐标以及相对于基本单元的偏移来描述。这种坐标系有助于确定晶体中原子的位置和排列。