国家级特色专业（4个）：园艺（第一批）、农学（第三批）、生物技术（第四批）、农业水利工程（第六批）。

自治区级重点学科（4个）：生物学、园艺学、作物学、兽医学。

自治区级重点学科（2个）：微生物学、果树学。

自治区级重点培育学科（1个）：作物栽培学与耕作学。

兵团重点学科（4个）：生物化学与分子生物学、作物栽培学与耕作学、果树学、动物营养与饲料科学。

塔里木大学王牌专业有生物技术、园艺、汉语言、农学、动物医学、旅游管理、计算机科学与技术、农业机械化及其自动化、农业水利工程、动物科学等。

塔里木大学园艺、农学、生物技术、农业水利工程等专业可以说是塔里木大学最好最有特色的专业了，这些专业为同类型高校相关专业和本校的专业建设与改革起到示范带动作用。