微生物遗传学是以病毒、细菌、小型真菌以及单细胞动植物等微生物为研究对象的遗传学分支学科。

微生物有 微生物遗传学个体小、生活周期短、常能在简单地合成培养基上迅速繁殖等特点，并且可以在相同条件下处理大量个体，所以是进行遗传学研究的良好材料。微生物遗传学在20世纪40～50年代的发展，促进了遗传学中一些基本理论的阐明；50～60年代推动了分子遗传学的发展。