密码科学与技术专业的主要课程有：《密码学数学基础》、《密码学原理》、《密码算法设计与分析》、《密码协议分析与设计》、《密码技术应用》、《网络安全与数据安全》、《密码学实践与实验》、《计算机与网络安全》、《网络安全工程与实践》、《密码学法律与标准》等。