市直小学和普通小学的区别是：

1、隶属关系不一样：市直小学隶属市教育局，普通小学隶属县区教育局。

由于隶属关系不一样，学校级别、校长级别也就不一样。

2、教育经费拨款渠道不一样：市直小学由市财政拨款，普通小学由县区财政拨付。直属学校一般由教育部门直接管理的学校，财权人权由教育行政部门直接掌控。

3、经费标准不一样：设施、设备、教具、实验、语音室建设不一样。