华南师范大学南海校区的前身是南海学院。

目前该校区已停止招收专科学历层次学生，基本上是本科生、硕士研究生和博士研究生。华南师范大学目前在南海校区新组建四个本科学院，分别是国际商学院、城市文化学院、软件学院和职业教育学院；按照华南师范大学本部面向全国统一招收本科生、硕士研究生和博士研究生。

2000年8月16日，华南师大与南海区（原南海市）政府签署《华南师范大学与南海市共建华南师范大学南海学院协议书》，始建南海学院。南海学院是一所以公办新机制运作、华南师大的直接二级学院，2001年9月正式招收第一批大专层次的学生。南海校区占地面积34万多平方米，建筑面积24万平方米，最大可以容纳7000多名学生。 2003年，南海学院开始招收第二批本科层次的学生。 2004年6月，华南师范大学第十三次党代会明确把南海学院定位为学校三校区（石牌校区、大学城校区、南海校区）之一进行建设，进行校区第一轮改革。同年9月，广东省政府、广东省教育厅在办学性质上明确界定南海校区为公办性质的学校。 2005年，广东省教育厅把南海校区从第二批本科招生提升到重点本科招生，招生代码单列。

2006年，南海校区与华南师范大学用统一招生代码招生。 2013年4月12日，学校正式启动南海校区第二轮综合改革。根据一校三区协调发展的总体布局，按照“创新管理、强化特色、国际合作、服务地方”的总体要求，在南海校区新组建四个本科学院，分别是国际商学院、城市文化学院、软件学院和职业教育学院；同时，保留南海学院至2016年最后一届专科学生毕业；本着“精简、务实、高效”的原则，按照“学校职能部处直线指挥为主，校区属地管理主要负责协调”的要求，重新设置南海校区的组织架构，设立南海校区管理委员会、成立综合管理办公室、人事管理办公室、教学管理办公室、学生工作办公室、财务管理办公室、科研管理办公室、安防保卫办公室、后勤管理办公室等八个职能办公室。 南海校区现设有财务管理、法语、文化产业管理、软件工程和教育学（职教师资）等5个本科专业；还有法律事务、文秘、金融与证券、会计电算化、应用英语、电子商务、计算机网络、数字媒体设计与制作、客户服务管理等9个专科专业，从2014年起都停止招生。 在国际合作办学方面，南海校区与英国、美国、法国、加拿大、澳大利亚等国家的知名大学开设联合办学项目。

2014年，学校以南海校区为载体，与中国（教育部）留学服务中心签署战略合作协议，搭建了学生出国留学、留学生回国、国际生来华留学以及教育国际交流与合作的平台。

2019年7月6日上午，广东省教育厅、佛山市人民政府、南海区人民政府与华南师范大学签署四方共建协议。根据协议，四方将围绕广东省高等教育高水平大学“重点建设高校”和“冲补强”提升计划建设目标，紧扣佛山经济社会发展需求，在华南师大南海校区现有办学基础上，建设服务佛山产业发展需求的新工科和交叉学科专业，推动南海校区“国际化、新工科、交叉学科、研究型”办学新发展，把南海校区办成具有全球视野、扎根地方的国际化校区和产学研合作示范区。学校将按照“政策灵活、机制创新”“加强领导、充分授权”的原则发展南海校区，重点支持国际联合学院创新发展，南海校区将成为学校国际化办学的示范区、本科人才培养的特区、体制机制改革的试验区。学校将以合作共建为战略机遇，奋力推进校区各项建设，为佛山市、南海区经济社会发展和产业转型升级提供有力的人才和智力支撑，为推动我省加快建设教育强省，努力实现“四个走在全国前列”作出新的更大贡献！ 根据四方共建计划，到2022年，南海校区全日制本科办学规模达4000人左右；到2025年，硕士和博士研究生办学规模达1000人左右。南海校区将建立起一支高水平、国际化的南海校区专任教师队伍，并结合佛山市、南海区产业发展需求，组建创新发展研究院，下设人工智能研究中心、大数据研究中心、金融工程中心、跨境教育质量保障研究中心等，服务佛山市、南海区创新驱动发展战略。