形态标记是遗传标记的一种，指肉眼可见的或仪器测量动物的外部特征(如毛色、体型、外形、皮肤结构等)，以这种形态性状、生理性状及生态地理分布等特征为遗传标记，研究物种间的关系、分类和鉴定。

形态学标记研究物种是基于个体性状描述，得到的结论往往不够完善，且数量、性状很难剔除环境的影响，需生物统计学知识进行严密的分析。但是用直观的标记研究质量、性状的遗传显得更简单、更方便。