南京大学博士毕业能进一般的高校，比如二本院校是没有问题的。

当然如果想进好的高校，最好在读博期间去国外高校进修、学术交流或者当交换生。因为985、211高校都要求入职的博士有海外留学经历、海外工作经历或者海外学习经历，近几年应该对本土博士的限制有所改变。