制药工程专业通常包括以下主要课程：

1. 基础科学课程：如高等数学、大学物理、有机化学、无机化学、分析化学等，为后续专业课程打下基础。

2. 制药工程基础课程：包括制药工程原理、制药工艺学、制药设备与工艺、制药工程自动化等，介绍制药工程的基本原理、工艺流程和设备。

3. 制剂学：包括药物制剂学、药物包装与储存、药物分析等，介绍药物的制剂设计、包装和质量控制等方面知识。

4. 药物化学：包括药物合成、药物分析、药物代谢等，研究药物化学结构、合成方法和药物在体内的代谢过程。

5. 生物制药：包括生物工程原理、发酵工程、生物制药工艺等，介绍利用生物技术生产药物的原理和工艺。

6. 药物动力学：研究药物在体内的吸收、分布、代谢和排泄等过程，以及药物的药效学和毒理学。

7. 药物管理与质量控制：包括药物管理法规、药品注册与审批、药品质量控制等，了解药物监管、质量管理和合规要求。

8. 实验室技术与实践：包括制药实验技术、药物分析实验等，培养实验操作技能和数据分析能力。此外，根据学校和专业设置的不同，还可能有其他选修课程，如药物安全评价、制药工程管理、药物市场营销等，以满足学生的个性化需求和专业发展方向。具体的课程设置可以参考相关学校和专业的教学计划。