临床医学专业学制为八年，分为四个阶段：第一阶段：医学预科阶段，五个学期，在清华大学学习。

第二阶段：基础医学阶段，三个学期，在校本部基础学院学习。课程包括人体解剖学、组织胚胎学、生理学、微生物学、寄生虫学、医学免疫学、医学遗传学、药理学、分子生物学、医学统计学等。第三阶段：临床医学阶段（含见习），四个学期，在校本部临床学院学习。第四阶段：临床实习及科研训练，四个学期，其中毕业前8个月时间为科研训练课时间，必须在博士生导师的指导下，独立完成一项科研题目并通过答辩。协和临床医学专业毕业证书和学位证书盖“清华大学”和“北京协和医学院”两个公章，在清华生命科学学院学习两年半结束后可获得清华大学学士学位。