敦煌市辖7个镇、2个乡：沙州镇、肃州镇、莫高镇、转渠口镇、七里镇、月牙泉镇、郭家堡乡、黄渠乡、阳关镇；国营敦煌农场、青海石油管理局生活基地。

沙州镇为市委、市政府所在地，是全市政治、经济、文化的中心。城西7公里处的七里镇是一座新型的石油城，现为青海石油管理局所在地和青海油田后勤生活基地。