上海医科大学创建于1927年，是中国人自主创办的第一所高等医学院校。

建院时定名为第四中山大学医学院，1932年改名为国立上海医学院，1952年更名为上海第一医学院，1959年成为全国重点大学，1985年改名为上海医科大学。

2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了由教育部、上海市人民政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。

2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。