首都医科大学有二本和专科。

截至2015年5月，学校校本部设有10所学院和1所研究院，包括基础医学院、公共卫生学院、化学生物学与药学院、生物医学工程学院、中医药学院、卫生管理与教育学院、护理学院、燕京医学院、全科医学与继续教育学院、国际学院；北京脑重大疾病研究院。截至2019年4月，学校有8个国家重点学科，2个国家重点（培育）学科；60个国家临床重点专科（含中医）；14个国家中医药管理局重点（培育）学科；4个北京市一级重点学科。

6个北京市二级重点学科，1个北京市重点交叉学科，1个北京地区高等学校学科群。学校7个学科进入ESI学科全球前1%排名，其中，1个学科进入ESI学科前1‰，2个学科进入全球前5‰。